DCQB · Universidad Autónoma de Ciudad Juárez
Sistema Redox del Glutatión & Biocatálisis Ambiental
Bienvenido a Interactoma Modular. Plataforma de difusión y divulgación científica dedicada a documentar el progreso de mi investigación doctoral en ciencias químico-biológicas (DCQB · UACJ). Este espacio integra el análisis de las ciencias ómicas, la bioinformática estructural y el modelado molecular para comprender la resiliencia redox y la biotecnología enzimática.
Caracterización estructural, cinética y de acoplamiento de 8 modelos moleculares curados: el interactoma antioxidante de Neltuma alba (GPX, GST Tau y Trx-1) y las enzimas de biorremediación de colorantes en Limnospira platensis (syn. Arthrospira platensis) (ApGHR_01 y ApGHR_02).
Carlos Montejo Dávila
Estudiante Doctoral · Profesor por Honorarios · DCQB · UACJ
Investigador en ciencias químico-biológicas con enfoque en bioinformática estructural y biología molecular. Desarrollo mi tesis doctoral sobre el sistema redox del glutatión en Neltuma alba bajo la dirección del Dr. Ángel Gabriel Díaz Sánchez y la Dra. Lilian González Segura. De manera paralela, me desempeño como profesor honorario en la UACJ.
"Representación esquemática de las rutas de detoxificación y mantenimiento de la homeostasis redox. El diagrama ilustra la versatilidad de la Glutatión Peroxidasa (GPx) al reducir peróxidos citotóxicos empleando tanto glutatión (GSH) como tiorredoxina como cofactores reductores. En paralelo, se detalla la función de la Glutatión S-Transferasa (GST) en la biotransformación de xenobióticos electrofílicos, facilitando su conversión en conjugados más solubles, estables e inocuos."
Mecanismos de neutralización de especies citotóxicas · Vías dependientes de GSH y Tiorredoxina · Modelado conceptual para Neltuma alba.
Reduce directamente H₂O₂ y peróxidos lipídicos acoplada al cofactor glutatión (GSH). Modulada por interacción física directa con Tiorredoxina Trx-1 (oclusión de 1.12 Å).
Neutralización de electrófilos citotóxicos y transporte intracelular de flavonoides (quercetina). Elevada termoestabilidad y activación catalítica del tiolato por puente de H.
Reducción redox bifásica de contaminantes (Azul de Metileno a Leuco-MB) y xenobióticos sin formar aductos terminales. Confinamiento tiólico en citosol alcalino.
Tesis doctoral en Ciencias Químico-Biológicas (UACJ). Integra control redox bidireccional Trx-GPX-GST, modelado estructural 3D y biocatálisis computacional acelerada en GPU.
Modelado molecular, acoplamiento de ligandos y biofísica de 8 enzimas clave frente al estrés oxidativo árido y la biorremediación ambiental.
6 enzimas antioxidantes: GPX2, GPX4, GPX6 noSP, GPX-L1, GSTu17 y Trx-1. Adaptación molecular a sequía, salinidad y estrés abiótico árido.
2 hidroquinona reductasas: ApGHR_01 y ApGHR_02 (motivo GWGCPW). Decoloración de Azul de Metileno (2e⁻ a Leuco-MB) y detoxificación de quinonas.
Modelos Estructurales Interactivos 3D (WebGL)
Visualizaciones 3D interactivas de las proteínas clave del interactoma. Rota con arrastrar, zoom con rueda de ratón e interactúa con los residuos catalíticos y de interfaz.
Modelos tridimensionales interactivos · Clica en cualquier átomo para identificar el residuo · Desplazamiento lateral con clic derecho/arrastrar.
| Aminoácido | Código | Nº | % |
|---|---|---|---|
| Alanina | Ala (A) | 18 | 7.9% |
| Arginina | Arg (R) | 9 | 3.9% |
| Asparagina | Asn (N) | 2 | 0.9% |
| Aspartato | Asp (D) | 11 | 4.8% |
| Cisteína | Cys (C) | 3 | 1.3% |
| Fenilalanina | Phe (F) | 14 | 6.1% |
| Glicina | Gly (G) | 11 | 4.8% |
| Glutamato | Glu (E) | 11 | 4.8% |
| Glutamina | Gln (Q) | 8 | 3.5% |
| Histidina | His (H) | 6 | 2.6% |
| Isoleucina | Ile (I) | 14 | 6.1% |
| Leucina | Leu (L) | 37 | 16.2% |
| Lisina | Lys (K) | 10 | 4.4% |
| Metionina | Met (M) | 4 | 1.7% |
| Prolina | Pro (P) | 17 | 7.4% |
| Serina | Ser (S) | 10 | 4.4% |
| Tirosina | Tyr (Y) | 6 | 2.6% |
| Triptófano | Trp (W) | 3 | 1.3% |
| Treonina | Thr (T) | 9 | 3.9% |
| Valina | Val (V) | 16 | 7.0% |
Arquitectura: GST_N_Tau (aa 1-85) → Linker (aa 86-95) → GST_C_Tau (aa 96-219) → His₆-tag C-term (aa 223-228).
Composición Atómica: C₁₁₆₂ H₁₇₇₂ N₂₉₂ O₃₃₀ S₇
Vida Media (estimada): 30 h (ret. mamíferos), >20 h (levadura), >10 h (E. coli).
Galería de Bioinformática Estructural y Evolutiva
6 Figuras Científicas DCQB · Clic para ampliarFiguras metodológicas de máxima verosimilitud filogenética, validación de plegamiento y proyecciones multivariadas de Machine Learning del interactoma.
Relaciones evolutivas y clasificación cládica de las isoformas GPX de Neltuma alba.
Árbol filogenético y agrupamiento evolutivo de la familia Glutatión S-Transferasa en plantas.
Panel estructural con GPX6 sin péptido de tránsito (noSP), conservando el núcleo 78-238 y Cys113.
Análisis de Componentes Principales (PCA) del espacio conformacional tridimensional.
Visualización t-SNE para agrupación no lineal y comparación con homólogos de PDB.
Proyección UMAP de las afinidades conformacionales de GPX y GST en plantas.
Ruta Bioinformática & Metodología Computacional Integrada
Arquitectura metodológica in silico aplicada a las enzimas redox de Neltuma alba (GST Tau, GPX y Trx-1) y a las Glutatiónil-Hidroquinona Reductasas de Limnospira platensis (ApGHR_01 y ApGHR_02). Procesamiento acelerado localmente mediante hardware dedicado: NVIDIA GeForce RTX 4070 Laptop GPU (CUDA) e Intel® Core™ Ultra 9 185H (16 núcleos / 22 hilos).
Descarga y curación de secuencias FASTA desde NCBI y bases genómicas para Neltuma alba y Limnospira platensis. Reconstrucción filogenética por Máxima Verosimilitud con IQ-TREE 3 (selección automática de modelo de sustitución Q.PFAM+I+G4 y 1000 réplicas Ultrafast Bootstrap sobre 71 secuencias cianobacterianas) y generación de Redes de Similitud de Secuencias (SSN) mediante EFI-EST y Cytoscape/NetworkX para resolución de divergencia paráloga.
Cálculo computacional automatizado de parámetros moleculares: punto isoeléctrico teórico (pI), coeficiente de extinción molar (ε280), índice de inestabilidad de Guruprasad, índice alifático de Ikai, hidropatía GRAVY y carga neta dependiente del pH (pH 7.4 en mezquite y pH alcalino extremo 8.4–10 en cianobacterias). Validación comparativa frente a ExPASy ProtParam.
Predicción de alta resolución y modelado comparativo evaluando múltiples plantillas cristalográficas (homología y redes neuronales profundas). Selección de modelos monoméricos y multiméricos por score de confianza pLDDT (> 90) y curación de núcleos catalíticos plegados (recorte de péptidos señal en GPX6 y linkers N-terminales ricos en Pro-Thr en GHRs).
Inspección tridimensional del microambiente activo: dímero canónico y bolsillo de Ser16 en NaGSTu17, tétrada Cys42-Gln77-Trp131-Asn132 en NaGPX4, y motivo ultra-conservado GWGCPW (Cys81 activa desprotonada a tiolato con pinzas aromáticas Trp79/Trp83) en ApGHR_01/02. Mapeo electrostático Coulombic/APBS, cálculo del volumen de la Cavidad H (1,140 Å3), tours 360° y análisis topológico mediante Redes de Interacción de Residuos (RIN).
Parametrización estructural y cálculo de protonación alcalina (pH 8.4–9.5) mediante OpenBabel 3.1 y Meeko (RDKit) para la biblioteca de xenobióticos. Minería y curación de 719 estructuras homólogas en PDB. Acoplamiento molecular flexible acelerado en GPU (AutoDock Vina CUDA): sustratos redox clásicos (GSH, CDNB, H2O2, tBHP), antioxidantes (Quercetina, Kaempferol, Naringenina), xenobióticos y colorantes de biorremediación (Azul de Metileno, Bisfenol A, Menadiona, Atrazina, DCPIP, 1,4-Benzoquinona) e interfaces proteína–proteína con Tiorredoxina TrxH.
Detección determinista de interacciones no covalentes con PLIP 3.0.1 (clasificación geométrica de puentes H, apilamiento π-π y anclaje electrostático crítico de Arg140 para Azul de Metileno) y cálculo del Área de Superficie Accesible al Solvente (SASA en Å2) mediante Biotite (algoritmo Shrake-Rupley con sonda de 1.4 Å en la Cavidad H). Pipeline ad hoc en Python 3 para Distancia Euclidiana Mínima interatómica (≤ 5.0 Å) frente al residuo catalítico reactivo, correlacionada directamente con la cinética experimental en lector FLUOstar Omega (340 y 664 nm).
Explora cómo una muestra biológica se transforma en datos y conclusiones confiables antes de la práctica presencial.
La selección reorganiza el enfoque experimental, los retos y las guías recomendadas.
Una ruta interactiva en 6 pasos: haz clic en cada estación para ver qué ocurre en el tubo, por qué se realiza y cómo evitar errores en la mesa de trabajo.
Repasa estos módulos breves. 👇 Haz clic sobre cualquier módulo para desplegar u ocultar sus conceptos y protocolos.
Las enzimas son los catalizadores por excelencia en los seres vivos. Aceleran la velocidad de reacción entre 10⁶ y 10¹⁷ veces sin consumirse en el proceso. La catálisis ocurre en el sitio activo, donde los residuos de aminoácidos estabilizan el estado de transición (ES‡).
Una solución amortiguadora o buffer contiene un ácido débil y su base conjugada. Mantener el pH dentro del intervalo de trabajo limita cambios en la protonación de residuos catalíticos clave (His, Asp, Glu, Cys).
Mantener los tubos en baño de hielo durante la maceración ralentiza la proteólisis y desnaturalización. El objetivo es conservar el extracto frío para preservar la actividad nativa.
En el laboratorio relacionamos absorbancia y concentración mediante la ley de Beer–Lambert: A = ε · c · l. En ensayos enzimáticos se monitorea NADH o NADPH a 340 nm (ε₃₄₀ ≈ 6220 M⁻¹ cm⁻¹).
Cofactores Metalicos: Iones como Mg²⁺, Zn²⁺ o Ni²⁺ coordinan la catálisis y estabilizan cargas intermedias en el sitio activo.
La ecuación de Michaelis–Menten (v₀ = Vₘₐₓ[S] / (Kₘ + [S])) describe la saturación enzimática. La Kₘ es la [S] a Vₘₐₓ/2 y refleja inversamente la afinidad; la constante de recambio k_cat = Vₘₐₓ/[E]ₜ y la relación k_cat/Kₘ determinan la eficiencia catalítica.
La expresión de proteínas recombinantes (ej. NaGSTu17 en vector pET) se induce con IPTG, un análogo no metabolizable de alolactosa que desinhibe al promotor lac/T7.
El metabolismo celular acopla reacciones endergónicas a la hidrólisis de ATP (ΔG°′ = -30.5 kJ/mol). La Carga Energética de Atkinson regula el flujo: valores bajos activan catabolismo y frenan biosíntesis.
Las cianobacterias como Limnospira platensis (syn. Arthrospira platensis) son procariotas fotosintéticos oxigénicos que carecen de cloroplastos verdaderos. La fotosíntesis ocurre en invaginaciones tilacoidales periféricas de su membrana plasmática.
Los ácidos grasos ingresan a la mitocondria vía la lanzadera de Carnitina (CPT-1) para degradarse por β-oxidación en ciclos recurrentes de 4 pasos (palmitato 16C rinde ~106 ATP netos).
Un recorrido por la ultraestructura, la microscopía y la bioenergética de la espirulina (Limnospira platensis, syn. Arthrospira platensis) y del alga verde filamentosa Spirogyra sp.: dos organismos fotosintéticos que representan los extremos evolutivos de este proceso.
| Parámetro Biofísico / Celular | Limnospira platensis (Procariota) | Spirogyra sp. (Eucariota) |
|---|---|---|
| Linaje Evolutivo | Cianobacteria oxigénica (~2.4–3.5 Ga) | Alga verde carófita (ancestro de plantas terrestres, ~1.0 Ga) |
| Organelos & Compartimentos | Sin núcleo ni cloroplasto; tilacoides periféricos libres | Núcleo verdadero central + Cloroplasto helicoidal en cinta |
| Complejo Antena Principal | Ficobilisomas (C-Ficocianina, Aloficocianina) | Complejo LHCII (Clorofila a, Clorofila b, Luteína) |
| Fijación de CO₂ y Microcompartimento | Carboxisomas con anhidrasa carbónica y RuBisCO IB | Pirenoides intraplastidiales rodeados de coronas de almidón |
| Pared Celular y Vaina | Peptidoglicano Gram-negativo + Vaina mucilaginosa polisacárida | Bifásica: Matriz de celulosa interna + Capa pectínica externa |
| Mecanismo de Propagación | Asexual (necridias + fragmentación de hormogonios mótiles) | Sexual por conjugación escalariforme (zigosporas) y fragmentación |
Reconstrucción tridimensional de la espirulina: una cadena de células cilíndricas enrollada en una hélice que actúa como «panel solar biológico», maximizando la captación de luz en 360° con mínima auto-sombra. Los gránulos azules son los ficobilisomas con C-ficocianina.
Nota: en repositorios como Sketchfab existen modelos fotogramétricos de Limnospira platensis bajo licencia CC-BY, pero requieren su plataforma. Esta reconstrucción procedimental se aloja en el propio sitio para que el material educativo funcione sin depender de servicios externos.
Repertorio estructural de detoxificación redox (ApGST_01 a 04) y fotosistemas de Limnospira platensis.
GHR soluble canónica (341 aa / Core 208 aa, MW = 40.1 kDa, pI = 4.86), proteína no redundante del género Limnospira representativa del linaje NIES-39 (homóloga al 99.71% con la cepa tipo PCC 7345, WP_062945783.1, con variación conservativa S170P). Posee una cavidad catalítica hiper-expandida (1,140 ų) y el motivo ultra-conservado GWGCPW donde Cys81 (pKa ~6.5) actúa como nucleófilo tiolato activo. Presenta afinidad récord hacia Bisfenol A (ΔG = -7.31 kcal/mol, Kd = 4.4 µM), peróxidos de cumeno y pesticidas s-triazínicos (Atrazina).
Mucho antes de que existieran plantas y algas, la fotosíntesis oxigénica fue inventada por las cianobacterias, ancestros procariotas de todos los cloroplastos actuales. Sin ese descubrimiento, el oxígeno jamás habría llenado la atmósfera y no existiría la vida aerobia compleja que hoy estudiamos en el laboratorio.
La fotosíntesis oxigénica podría haber evolucionado desde hace unos 3500 millones de años (Eoarcaico), aunque la fecha exacta sigue en debate. (Horne et al., 2025)
Anomalías de cerio (La-Ce) en carbonatos arcaicos de Canadá confirman producción fotosintética de O₂ en el Mesoarcaico o antes. (Patry et al., Nature, 2025)
El O₂ generado por cianobacterias se acumuló en la atmósfera: la mayor revolución química de la historia terrestre y prerrequisito de la vida aerobia.
Eoentophysalis belcherensis, conservada en estromatolitos silicificados, es el fósil de cianobacteria más antiguo aceptado.
Membranas tilacoidales en Navifusa majensis (Australia) son la evidencia fósil directa más antigua de fotosíntesis oxigénica. (Demoulin et al., Nature, 2024)
Limnospira platensis (espirulina) y el alga verde Spirogyra que observamos en el laboratorio son herederos de esa revolución: producen el O₂ y la biomasa que mantienen los ecosistemas.
Limnospira platensis (espirulina) no solo es un superalimento y una fábrica fotosintética; es también un chasis biológico de remediación ambiental capaz de limpiar efluentes textiles (Azul de Metileno), agroquímicos clorados (Atrazina), plastificantes (Bisfenol A) y metales pesados (Pb²⁺, Cd²⁺, Cr⁶⁺).
La vaina mucilaginosa externa que envuelve los tricomas de espirulina está compuesta por una densa matriz polimérica de exopolisacáridos (EPS) ramificados, con abundante densidad de grupos aniónicos ionizables: carboxilos (-COO⁻), sulfatos (-SO₄²⁻), fosfatos (-PO₄³⁻) e hidroxilos (-OH).
Los xenobióticos que atraviesan la membrana o las especies reactivas de oxígeno generadas bajo estrés inducen una cascada enzimática dependiente de Glutatión Reducido (GSH), NADPH y Glutatiónyl-Hidroquinona Reductasas (GHRs / ApGSTs).
GHR significa Glutathionyl-Hydroquinone Reductase (la "H" refiere a Hidroquinona). No es una Glutatión Peroxidasa (GPX) clásica de selenocisteína; es una rama redox de la superfamilia GST especializada en óxido-reducción de quinonas halogenadas/oxidadas y peróxidos lipídicos tilacoidales.
A diferencia de las GSTs clásicas que solo transfieren glutatión (conjugación SN2), ApGST_01 ejecuta un ciclo redox bifásico: el tiolato de Cys81 ataca al contaminante oxidado (p. ej. Azul de Metileno o Atrazina) y el GSH libre en el Sitio G reduce el intermediario, regenerando la enzima activa y liberando el producto reducido inocuo (Leucoxiazina incolora).
Limnospira platensis prolifera en lagos alcalinos a pH 9.8–10.5, manteniendo un citosol interno regulado a pH 7.8–8.4 y microambientes fotosintéticos carboxisomales que alcanzan pH 9.0–9.5.
A pH fisiológico neutro (pH 7.2), el Glutatión (GSH, pKa = 8.7) está >98% protonado e inactivo, por lo que las GSTs clásicas usan Ser/Tyr para desprotonarlo. Pero en Limnospira a pH 8.4–9.5, el 35% al 85% del GSH citosólico ya se encuentra espontáneamente ionizado como ion tiolato (GS⁻).
La solución evolutiva: El riesgo biológico fatal es la autooxidación del GS⁻ libre con el O₂ fotosintético disuelto (generando anión superóxido O₂•⁻ y agotando el GSH). Por ello, ApGST_01 evolucionó no como una enzima desprotonadora, sino como una chaperona electrostática de blindaje: protege al GS⁻ dentro del motivo conservado GWGCPW y orienta al xenobiótico a <3 Å de Cys81 para una reducción catalítica ultra-rápida (kcat récord).
| Contaminante / Xenobiótico | ApGST_01 (Limnospira) | EcGST Beta (E. coli) | NaGSTU17 (Mezquite) | Selectividad / Mecanismo |
|---|---|---|---|---|
| Bisfenol A (BPA · Plastificante) | -7.31 kcal/mol (4.4 µM) | -6.12 kcal/mol (32.4 µM) | -3.64 kcal/mol (2.1 mM) | Empaquetamiento aromático en cavidad H |
| Peróxido de Cumeno (ROS lipídico) | -6.53 kcal/mol (16.4 µM) | -5.48 kcal/mol (95.5 µM) | -3.37 kcal/mol (3.4 mM) | Ataque nucleofílico directo por Cys81 |
| Atrazina (Herbicida s-triazina) | -6.26 kcal/mol (26.0 µM) | -5.35 kcal/mol (118.9 µM) | -2.62 kcal/mol (12.1 mM) | Descloración / conjugación con tiolato |
| Azul de Metileno (Colorante catiónico) | -5.81 kcal/mol (55.1 µM) | -5.02 kcal/mol (207.6 µM) | -3.84 kcal/mol (1.5 mM) | Reducción redox a Leucoxiazina + Biosorción EPS |
| CDNB (Sustrato modelo GST) | -5.33 kcal/mol (124.5 µM) | -4.67 kcal/mol (375.0 µM) | -2.76 kcal/mol (9.4 mM) | Conjugación clásica dinitrofenil-GSH |
Pon a prueba tu criterio bioquímico resolviendo escenarios evaluables divididos por parciales académicos y según la materia activa.
Modifica los parámetros en tiempo real y compara simultáneamente la hipérbola de Michaelis–Menten con la representación de Lineweaver–Burk.
Observa cómo cada modelo de inhibición modifica la velocidad máxima (Vmáx) y la constante de Michaelis (Km) aparentes.
| # | [S] (mM) | v₀ Teórica | v₀ Exp | 1/[S] (mM⁻¹) | 1/v₀ (min/μmol) | Residuo | Acción |
|---|
Módulo interactivo completo de las Prácticas 5, 6 y 8: efecto de la temperatura (Topt = 50 °C), pH ácido vacuolar (pH 5.0), paro alcalino con KOH y viraje a amarillo canario a 405 nm.
Estudio cinético y mecanístico de la hidrólisis de ésteres de fosfato orgánicos. Exploración interactiva del efecto de la temperatura, el pH, la desnaturalización alcalina y el viraje cromogénico a 405 nm.
Sustrato cromogénico sintético. El fosfato inmoviliza la deslocalización electrónica del grupo nitro. Solución 100% incolora a pH ácido.
El centro bimetálico Fe³⁺-Zn²⁺ hidroliza el enlace fosfoéster, generando p-Nitrofenol (p-NP) + Pi libre. En pH ácido aún permanece incoloro.
El KOH detiene la reacción (desnaturaliza la enzima) y desprotona el fenol (pKa = 7.15), deslocalizando electrones para emitir amarillo canario a 405 nm.
El tubérculo de papa (Solanum tuberosum) y semillas en germinación poseen abundante fosfato inmovilizado en fitatos y azúcares fosforilados. Durante el rebrote celular, las fosfatasas ácidas se sobreexpresan masivamente para reciclar y movilizar ortofosfato inorgánico (Pi) hacia los tejidos en crecimiento.
Evolutivamente reside en dos microambientes clave: 1) La vacuola vegetal (pH 5.0–5.5 mantenido por bombas V-H⁺-ATPasa). 2) La rizosfera (exudada por las raíces para solubilizar fósforo insoluble en suelos ácidos donde los protones liberan minerales).
• Fosfato inorgánico (Pi): Inhibidor competitivo clásico (retroinhibición por producto que compite directamente por el centro activo bimetálico).
• Fluoruro de sodio (NaF): Inhibidor potente que coordina el puente Fe³⁺-Zn²⁺ desplazando la molécula de agua catalítica.
Planifica tus soluciones antes de entrar al laboratorio. La herramienta normaliza las unidades, muestra la ecuación aplicada y advierte cuando una preparación no es físicamente viable.
Usa la concentración final, el volumen, el peso molecular y la pureza declarada del reactivo.
Ejemplo: Tris 50 mM, 100 mL, PM 121.14 g/mol.
Calcula cuántos moles por litro contiene una solución ya preparada.
Se mostrará el resultado simultáneamente en M, mM y μM.
Determina el volumen de stock que debes pipetear y cuánto diluyente agregar.
La herramienta verifica que C₁ sea mayor que C₂.
Estima la composición mediante Henderson–Hasselbalch para un ácido débil y su base conjugada.
Ejemplo didáctico: sistema fosfato, pKₐ 7.21, pH 7.40.
Términos esenciales de bioquímica, cinética, espectrofotometría y fotosíntesis (58 entradas) para que el vocabulario de los retos y módulos quede claro. Usa los filtros para navegar por tema.
Consulte los pesos moleculares estandarizados para preparación de amortiguadores y la literatura científica de alto impacto que respalda cada protocolo.
Material audiovisual producido para comunicar la investigación a distintas audiencias.
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Guías de laboratorio, manuales y protocolos de investigación agrupados por materia. Haz clic en cada categoría para explorar.
Estrategia de clonación y sobreexpresión heteróloga en sistemas procariotas (E. coli). Diseño de constructo, inducción con IPTG, lisis celular y verificación por SDS-PAGE.
Protocolo completo para cromatografía de afinidad por metal inmovilizado (IMAC). Flujo de trabajo optimizado para proteínas His-tag en condiciones nativas y desnaturalizantes.
Protocolo dinámico para cuantificación digital semi-cuantitativa con ImageJ/Fiji. Incluye mapa del proceso, pre-procesamiento de geles en escala de grises de 8 bits y análisis correcto de carriles.
Extracción y comparación de actividad enzimática en fuentes vegetales, animales y microbianas. Técnicas de homogenización, centrifugación diferencial y ensayos colorimétricos de actividad.
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Cálculo de parámetros cinéticos por el método gráfico y lineal de Lineweaver-Burk (doble recíproco). Incluye ecuaciones explicadas, glosario y fórmulas automatizadas para Microsoft Excel.
Diseño metrológico de microplaca (200 µL). Discriminación entre oxidorreducción GHR (Azul de Metileno @ 664 nm), conjugación canónica GST (CDNB @ 340 nm) y biorremediación activa vs inerte en Limnospira (espirulina).
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Problemas resueltos de espectrofotometría UV-Visible, ley de Beer-Lambert, absortividad y transmisiones.
Temario de repaso sobre potenciometría, electrodos de referencia y selectivos de iones, y fundamentos cromatográficos.
Procedimientos colorimétricos y de precipitación para la identificación de insaturaciones, alcoholes, cetonas y aldehídos.
Criterios estadísticos para la interpolación lineal, cálculo de coeficientes de determinación y preparación de estándares.
Ejercicios guía para el cálculo de órdenes de reacción, constantes cinéticas y cálculo de la energía de activación.
Simulador cinético que ilustra las variaciones espectrofotométricas de absorbancia del dicromato a lo largo del tiempo.
Extracción de colorantes y metabolitos de plantas. Análisis espectrofotométrico de los extractos crudos.
Extracción ácido-base de principio activo y validación cuantitativa mediante espectroscopía de absorción molecular.
Problemas conceptuales y numéricos de instrumentación analítica, espectrometría y principios de separación cromatográfica.
Clave ilustrada para la identificación taxonómica de tortugas urbanas, su ecología y medidas de preservación (Biol. Carlos Montejo Dávila).
Versión oficial revisada y corregida (16 prácticas completas). Incluye sobreexpresión heteróloga y purificación IMAC de His-GST NaGST U17, 189 tablas encuadradas y referencias APA 7ma ed. (Prueba piloto).
Versión oficial revisada y corregida (15 prácticas + 14A/14B). Reformulación completa de fotosíntesis cuantificable, 259 tablas centradas, reactivos corregidos y enlaces al Interactoma Modular (Prueba piloto).
Manual completo de laboratorio de enzimología: extracción de enzimas, cinética enzimática, factores que afectan la actividad, inhibición y más.
Manual de prácticas del laboratorio de bioquímica metabólica: metabolismo de carbohidratos, lípidos, ciclo de Krebs, cadena respiratoria y más.
Manual oficial de prácticas de laboratorio: espectrofotometría UV-Vis, infrarroja, cromatografía de gases y líquidos (Dr. Díaz Sánchez et al.).
Guía de cumplimiento normativo para la clasificación, envasado, almacenamiento temporal y disposición final de Residuos Peligrosos Biológico-Infecciosos.
Defensa y avances doctorales del 4to semestre: caracterización estructural, docking molecular, sobreexpresión, purificación IMAC, cuantificación Bradford (0.533 mg/mL) y cinética enzimática de NaGST U17 y NaGPX4 en Neltuma alba (Biol. Carlos Montejo Dávila).
Calculadoras y protocolos interactivos del laboratorio — medios de cultivo, búferes, SDS-PAGE, purificación IMAC y ensayo GST.
Puedes localizarme a través de los canales institucionales de la UACJ.
Estudiante Doctoral · Profesor por Honorarios · DCQB · UACJ
Investigador en ciencias químico-biológicas con enfoque técnico y analítico. Mi trabajo combina bioinformática estructural, biología molecular y herramientas de inteligencia artificial para construir flujos de trabajo eficientes en la caracterización de proteínas. Actualmente desarrollo mi tesis doctoral sobre el sistema redox del glutatión en Neltuma alba bajo la dirección del Dr. Ángel Gabriel Díaz Sánchez y la Dra. Lilian González Segura. De manera paralela, me desempeño como profesor honorario en la UACJ, impartiendo Bioquímica Metabólica y automatizando los procesos de evaluación y retroalimentación de mis estudiantes. Me interesa la intersección entre la ciencia experimental y la automatización — desde scripts de validación de docking hasta aplicaciones web para la gestión académica.
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El desarrollo y despliegue de Interactoma Modular representa un esfuerzo por integrar la investigación biológica con la autogestión tecnológica (Self-Hosting). Este diagrama ilustra el ciclo de vida de la plataforma: desde su diseño estático utilizando el framework Astro v6 con asistencia de Inteligencia Artificial, hasta su alojamiento independiente en un nodo local Orange Pi 5 Max.
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